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Das Institut für Pathologie der Uniklinik Köln ist eines der größten akademischen Pathologie-Zentren in Deutschland. Zusammen mit einem integrierten medizinischen Versorgungszentren (MVZ) und zwei assoziierten KV-Praxen führt es diagnostische Untersuchungen an mehr als 100.000 Patientenproben im Jahr durch. Es versorgt das Centrum für Integrierte Onkologie (CIO) der Uniklinik Köln, einem Haus der medizinischen Maximalversorgung.

Ein interdisziplinäres Team aus Pathologen, Assistenzärzten, technischen Mitarbeitern, Molekularbiologen, Bioinformatikern und Wissenschaftlern sorgt für umfassende Analytik. Diese beinhaltet alle zeitgemäßen Analyseverfahren einschließlich der Immunhistochemie, der Elektronenmikroskopie und der modernsten molekularen Genotypisierung (Next Generation Sequencing) von Gewebe-, Zell- und Serumproben.

Das Institut ist Referenz- und Konsultationszentrum für erbliche Krebserkrankungen (Kolon-, Ovarial- und Mammakarzinom), Tumoren des oberen Gastrointestinaltrakts, Lebererkrankungen, Nieren- sowie glomerulären Erkrankungen, Sarkomen und Zytologie. Darüber hinaus beherbergt es eine innovative molekularpathologische Abteilung.

Das vollumfänglich DAkkS-akkreditierte Institut für Pathologie versorgt zertifizierte klinische Krebszentren, zertifizierte organspezifische onkologische Zentren sowie zertifizierte orthopädische Zentren und ein Organtransplantations-Programm. Die akkreditierten Laboratorien des Instituts bieten auch international anerkannte Dienstleistungen an (ilac-MRA). 

Das Institut ist Gründungsmitglied des Netzwerk für genomische Medizin (NGM), das solide Lungentumore auf mögliche therapeutische Ziele genotypisiert. Das NGM wurde aus Köln zu einem nationalen Netzwerk (nNGM) ausgebaut. Das Institut sammelt und verwaltet frisch gefrorene Tumorbiopsien und Normalgewebe in einer großen klinischen Biobank. In Kooperation mit CIO und NGM unterstützt das Institut das nationale Tumor-Genotypisierungs-Programm, das Patienten klinischen Studien der personalisierten Krebsmedizin zuführt. 

Die ärztlichen und wissenschaftlichen Mitarbeiter des Instituts lehren das Fach Pathologie für die Studierenden der Human- und der Zahnmedizin und beteiligen sich an Weiterbildungsveranstaltungen, Methodikkursen und Kongressen. Wissenschaftliche Studien dienen der Weiterentwicklung der pathologischen Diagnostik, der Erprobung neuer Biomarker und der Aufklärung pathogenetischer Mechanismen. Forschungsschwerpunkte sind die Identifizierung neuer therapeutischer Zielstrukturen für personalisierte Krebstherapie, insbesondere bei Karzinomen der Lunge und des oberen Gastrointestinaltrakts (Gastrointestinale Cancer Group Cologne, GCGC), sowie molekulare Mechanismen von Leberkrankungen, epigenetische Alterationen, Tumorgenomik und KI-basierte Bildanalyse / digitale Pathologie.

Das Institut für Pathologie ist dabei eng mit den anderen Fachabteilungen der Uniklinik und den lokalen Forschungsinstituten vernetzt und unterhält zahlreiche nationale und internationale Kollaborationen. Forschungsprojekte des Instituts bzw. Projektbeiträge werden regelmäßig durch Fördermittel der Universität zu Köln, der Deutschen Forschungsgemeinschaft (DFG), dem Bundesministerium für Bildung und Forschung (BMBF) sowie der Deutschen Krebshilfe (DKH) unterstützt.
Das Institut für Pathologie Köln bietet Medizinstudierenden die Möglichkeit der Famulaturen sowie der Ausbildung im Rahmen des Praktischen Jahres (PJ). Eine systematische Ausbildung in Modulen ermöglicht unseren Assistenzärzten den fundierten Facharztabschluss in sechs Jahren.