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Das Institut für Pathologie der Uniklinik Köln ist das größte akademische Pathologie-Zentrum Deutschlands. Zusammen mit drei integrierten Medizinischen Versorgungszentren (MVZ) führt es diagnostische Untersuchungen an rund 120.000 Patienten im Jahr durch. Es versorgt auch das Centrum für Integrierte Onkologie (CIO) der Uniklinik Köln, ein Haus der medizinischen Maximalversorgung.

Ein Team aus drei Universitätsprofessoren, 30 Fachärzten für Pathologie, Molekulargenetikern und Weiterbildungsassistenten sowie zwölf wissenschaftlichen Mitarbeitern gewährleistet eine fundierte pathologische Analytik. Diese beinhaltet alle zeitgemäßen Analyseverfahren einschließlich der Immunhistochemie, der Elektronenmikroskopie und der modernsten molekularen Gentypisierungen (u.a. Next Generation Sequencing).

Das Institut ist das nationale Referenz- und Konsultationszentrum für erbliche Krebserkrankungen (Kolon-, Ovarial- und Mammakarzinom), Tumoren des oberen Gastrointestinaltrakts, Lebererkrankungen, Nieren- sowie glomerulären Erkrankungen, Sarkomen und Zytologie. Darüber hinaus beherbergt es die modernste molekularpathologische Abteilung.

Als ein vollumfänglich DAKS-akkreditiertes Pathologie-Institut versorgt es drei zertifizierte klinische Krebszentren, 18 zertifizierte organspezifische Onkologische Zentren sowie zwei zertifizierte Orthopädische Zentren und ein Organtransplantations-Programm. Die Laboratorien des DAkkS akkreditierten Instituts für Pathologie bieten ebenfalls international anerkannte Dienstleistungen an (ilac-MRA). Es wurde in der Vergangenheit erfolgreich das Netzwerk für genomische Medizin (NGM) etabliert, das z. Z. ca. 7.500 solide maligne Tumoren im Hinblick auf mögliche therapeutische Ziele genotypisiert. Systematisch wurden patientenbasierte Maus-Krebs-Modelle und Zelllinien aus Tumorbiopsien entwickelt. Diese dienen u. a. als Modell der spezifischen chemotherapeutischen Sensitivität. Das Institut sammelt und verwaltet frisch gefrorene Tumorbiopsien und Normalgewebe in einer großen klinischen Biobank. In Kooperation mit CIO und NGM unterstützt das Institut das größte nationale Tumor-Genotypisierungs-Programm, das Patienten klinischen Studien der personalisierten Krebsmedizin zuführt. 

Der Forschungsschwerpunkt des Instituts für Pathologie der Universität zu Köln liegt in der Identifizierung neuer therapeutischer Zielstrukturen für personalisierte Behandlungsstrategien bei Krebserkrankungen. Ein besonderer Fokus liegt dabei auf der Analyse von Lungenkarzinomen und Karzinomen des oberen Gastrointestinaltrakts (Gastrointestinale Cancer Group Cologne, GCGC).

Ferner werden molekulare Mechanismen von Leber- und Nierenerkrankungen untersucht. Epigenetische Alterationen, die zelluläre Signalwege beeinflussen, stehen dabei im Zentrum des wissenschaftlichen Diskurses. Zwei bedeutsame Kollaborations- und Austauschprogramme mit dem Nikiti Blokhin Cancer Center in Moskau und der Johns Hopkins University in Baltimore bestehen seit Jahren. Neben individuellen Senior- und Junior-Förderprogrammen, werden diese Aktivitäten, sowie Sonderforschungs-Programme (SFB 832, KFO 286, e:Med, PerMed, PerMed2.0, Initiative der Neuroendokrinen Lungentumoren) von der Deutschen Forschungsgemeinschaft (DFG), dem Bundesministerium für Bildung und Forschung (BMBF) sowie der Deutschen Krebshilfe (DKH) unterstützt.

Das Institut der Pathologie Köln bietet zukünftigen Ärzten die Möglichkeit der Famulaturen sowie der Ausbildung im Rahmen des Praktischen Jahres (PJ). Eine systematische Ausbildung in Modulen ermöglicht unseren Weiterbildungs-Assistenzärzten den fundierten Facharztabschluss in sechs Jahren.